במקרה של זכויות בניה נוספות, סעיף 49ז' לחוק מיסוי מקרקעין מספק הנחיות לפטור ממס שבח. על פי הסעיף, במכירת דירת מגורים מזכה שהושפעה על ידי זכויות בניה נוספות, המוכר יכול להיות זכאי לפטור ממס שבח על פי בקשתו. הפטור יחול על סכום שווי המכירה עד לסכום שצפוי לו ממכירת הדירה למוכר מרצון לקונה מרצון ללא זכויות הבניה הנוספות. זכאות זו לפטור מותנית בהגשת הבקשה במועד ההצהרה לפי סעיף 73 לחוק. מטרת סעיף זה היא להבטיח שהשומות ישקפו את ערך הנכס בפועל, ללא השפעת זכויות בניה נוספות, וליצור תהליך הוגן ומדויק להערכת שווי הנכס. 

בהתאם להוראת ביצוע מס שבח מס' 6/98, שמאי מקרקעין ממלא תפקיד חשוב בהערכת שווי דירות במקרים בהם אין מכירות דומות בסביבה הקרובה להשוואה. כאשר אין מכירות של דירות צמודות קרקע ללא זכויות בנייה נוספות, יש להשתמש במכירות של דירות בבית משותף ולהוסיף עד 30% לערכן עבור פרטיות, בהתאם לשיקול דעתו של עורך השומה. 

בנוסף, בסעיף 3 של הוראת הביצוע, מתייחסים להשפעה המזערית של זכויות בניה בלתי מנוצלות על תמורת המכירה. זכויות בניה נוספות, בלתי מנוצלות, ששיעורן אינו עולה על 10% משטח הדירה הבנויה או עד שווי של 100,000 ש"ח, לפי הנמוך מביניהם, לא ייחשבו כמשפיעות על תמורת המכירה. הוראה זו נועדה להקל על ההתדיינות ולהתמקד בסכומים בעלי חשיבות כלכלית משמעותית. 

מיסוי מקרקעין קבע את שומת מס השבח לפי מיטב השפיטה, בהתאם לסמכותו לעשות כן כאמור בסעיף 78(ב) לחוק מיסוי מקרקעין (שבח ורכישה), תשכ"ג-1963. סעיף זה מאפשר למנהל מס שבח לדחות הצהרתו של מוכר אם סבור הוא כי ההצהרה לא נכונה ולקבוע לפי מיטב שפיטתו את יום המכירה, שווי המכירה, יום הרכישה, שווי הרכישה, סכום השבח, התוספות, הפטורים המותרים מהשבח על פי כל דין והמס החל. 

בהחלטתו של מנהל מס שבח אם לדחות או לקבל שומתו העצמית של מוכר משווה מנהל מס שבח את העסקה הנוכחית לעסקאות דומות באותו אזור ובוחן האם מחיר העסקה נשמע סביר ותואם את מחירי השוק. החשש הקיים מצד מיסוי מקרקעין הוא שהצדדים ציינו בהסכם מחיר מסוים אך בפועל מחיר העסקה היה גבוה יותר. במקרים בהם הפערים גדולים מעבר לסביר, כלומר, מחיר העסקה שדווחה נמוך מידי לדעת מנהל מס שבח, הלה רשאי לפסול את ההצהרה ולקבוע מחיר עסקה בעצמו. 

השימוש בשמאי מקרקעין בתהליכי השגה מול רשות המיסים מסייע בהגשת טענות מבוססות ומדויקות, בהפחתת שומות ובשמירה על זכויות הנישומים. שמאי מקרקעין מספק הערכה מקצועית ואובייקטיבית של הנכס, דבר שמסייע בהגשת השגות מבוססות לרשות המיסים. באמצעות דוחות שמאות מפורטים, ניתן להוכיח טענות הנוגעות לערך הנכס, תנאי השוק ומצב הנכס. דוחות אלה מהווים ראיה משמעותית בתהליך ההשגה, מה שעשוי להוביל להפחתת השומה המקורית. 

השומות שמבוצעות בצורה שקופה וצודקת תורמות לתהליך הוגן ומדויק להערכת שווי הנכס ולמניעת מחלוקות עתידיות עם רשות המיסים.