לשמאי מקרקעין יש תפקיד קריטי בעת הפקעת קרקע, והוא בא לידי ביטוי במספר מישורים:
תפקידו העיקרי של השמאי הוא לקבוע את שווי הקרקע המופקעת. קביעה זו משמשת בסיס לחישוב הפיצויים שישולמו לבעל הקרקע. השמאי מבצע הערכה מקצועית של שווי הקרקע, תוך התחשבות במיקומה, גודלה, ייעודה, מצבה הפיזי, זכויות הבנייה החלות עליה ועוד.
על בסיס שווי הקרקע שנקבע, השמאי מחשב את גובה הפיצויים המגיעים לבעל הקרקע. החישוב מתבצע בהתאם לחוקים ולתקנות הרלוונטיים,
שמאי מקרקעין מקצועי מבטיח שבעל הקרקע יקבל פיצוי הוגן עבור הפקעת קרקעו. הוא פועל למיצוי זכויותיו של בעל הקרקע מול הרשות המפקיעה.
במקרים רבים, חוות דעתו של השמאי משמשת כראיה משפטית בבית המשפט, במידה ומתגלעים חילוקי דעות בין בעל הקרקע לרשות המפקיעה בנוגע לגובה הפיצויים.
חשוב לציין כי בעל הקרקע רשאי למנות שמאי מקרקעין מטעמו, בנוסף לשמאי מטעם הרשות המפקיעה.
חוות דעת של שני השמאים יכולה לסייע בהגעה להסכמה על גובה הפיצויים. במידה ולא מושגת הסכמה, בית המשפט יכריע בנושא, באמצעות שמאי מומחה מטעמו.

ועדת השגות להפקעות או שמאי מכריע
ועדת ההשגות עוסקת בסכסוכים הנובעים מהפקעת מקרקעין, בעיקר בנוגע לסכום הפיצויים. הוועדה גם מכריעה בסכסוכים כספיים הנובעים מביטול הפקעה, כמו מימוש הזכות להשבה או רכישה מחדש. הרכב הוועדה כולל יושב ראש שממונה על ידי שר המשפטים, השמאי הממשלתי הראשי ושמאי מכריע. בעלי קרקע או זכויות בקרקע שהופקעה יכולים לפנות לוועדה אם ההפקעה בוצעה לפי פקודת הקרקעות לאחר תיקונה ב-15 בפברואר 2010. הוועדה אינה מוסמכת לטפל בהפקעות לפי חוק התכנון והבניה, בהפקעות של רשויות מקומיות ובהפקעות ישנות שנעשו לפני תיקון הפקודה. בנוסף, הוועדה אינה מטפלת בסכסוכים שאינם על סכום הפיצויים, כמו סכסוכים על הזכויות בקרקע וטענות נגד חוקיות ההפקעה. בעלי הזכויות רשאים לבחור אם לפנות לוועדת ההשגות או לשמאי מכריע. השמאי המכריע מוסמך לדון במקרים בהם כל המשיגים באותה הודעת הפקעה מבקשים את הכרעתו.

עמ"נ 55960-02-23 נתיבי ישראל–החברה הלאומית לתשתיות תחבורה בע"מ נ' עדנאן נואף מנסור ואח'
בית המשפט המחוזי נדרש לאחרונה להכריע בשאלת יישום הלכת דלי דליה בתביעת פיצויים על ירידת ערך קרקע חקלאית שהפכה לדרך. בית המשפט העליון קבע בפסק הדין בעניין דלי דליה שאין להביא בחשבון פוטנציאל תכנוני לא מעוגן בהערכת פיצויי ירידת ערך לקרקע חקלאית. הוועדות המקומיות והגופים השונים טענו כי יש לשום את הקרקע כקרקע חקלאית טהורה. בחינת השמאי המייעץ בעניין עדנאן נואף מנסור נבחנה בבית המשפט המחוזי. חברת נתיבי ישראל טענה שהשמאי המייעץ טעה בהערכת השווי. בית המשפט המחוזי קבע שהלכת דלי דליה אינה מנטרלת שווי הנובע מתכונות אינהרנטיות של המקרקעין. החלטת בית המשפט דחתה את טענות נתיבי ישראל ואישרה את השומה המייעצת. בית המשפט המחוזי הבהיר שאין לנטרל פוטנציאל הנעוץ בתכונות המקרקעין.